La Secretaría del Colegio Ntra. Sra del Pilar es el departamento encargado de gestionar todos aspectos académicos y educativos relacionados con los alumnos del centro.
Las funciones del área de secretaria son: control y actualización de los expedientes académicos, organización del proceso de admisión, gestión de matrículas, becas y ayudas, solicitud de títulos, certificados, Pruebas de Acceso a la Universidad, Pruebas homologadas de idiomas, archivo, etc.
Las personas encargadas de Secretaría son Alejandro Borrella S.M. y Regina Rodríguez.